Plateforme Bernard ROSSI

Présentation de la Plateforme Bernard Rossi


En 2001, le regretté Docteur Bernard Rossi, ancien directeur de l'IFR50 de Nice et directeur de l'unité « Immunité anti-tumorale et chimiotactisme » à l'INSERM, a créé cette plate-forme avec l'aide des Docteurs Michel Samson et Jean-Marie Guigonis.

La plate-forme est alors installée au 5èmeétage de la Faculté de Médecine Pasteur avec deux spectromètres de masse : un MALDI-TOF et un LCQ trappe à ions équipé en amont d'une chaîne HPLC ainsi que le matériel nécessaire pour faire de l'électrophorèse bidimensionnelle et de l'analyse d'image.

En janvier 2002, la plate-forme Nice-Pasteur réalise des analyses pour les laboratoires publics mais aussi les entreprises privées. Au cours des années, l'équipe a acquis différents appareils dans un souci d'être toujours à la pointe de la technologie et d'offrir une expertise toujours meilleure.

En 2005, un LTQ/FT/ORBITRAP, spectromètre à haute résolution qui permet une détection encore plus fine des masses, sera livré au 5ème étage de la Tour Pasteur en juin 2007. Le Dr Rossi, décédé brutalement en mai 2006, n'aura pas vu sa mise en service.

Le 23 novembre 2007, la plate-forme est officiellement inaugurée par M. Christian Estrosi, alors Secrétaire d'Etat chargé de l'Outre-mer et Président du Conseil Général des Alpes Maritimes, et prend le nom de plate-forme Bernard Rossi Protéome-Métabolome.

En 2011, la gestion de la plate-forme Bernard Rossi est reprise par l'UMR CEA/UNS TIRO-MATOs. La plateforme a été restructurée au niveau des effectifs et des finalités. Elle développe notamment de nouvelles applications en métabolomique et imagerie omique (avec de nouvelles sources DESI-MS et AP-MALDI-MS financées par le Cancéropole PACA et le CG06). Un nouveau spectromètre de masse haute résolution Q Exactive plus a été acquis avec une UHPLC (financement projet PRIODAC et CG06). Une partie de la plateforme est installée au 1er étage.

La plateforme est dirigée par le Directeur de l'UMR CEA/UNS et le Docteur Guigonis est le Responsable scientifique. Un comité de pilotage (voir membres ci-dessous) participe à la gouvernance de la plateforme. Le fonctionnement (maintenance et consommables) est financé grâce à la tarification de toutes les analyses. La plateforme réalise aussi des développements méthodologiques pour la mise en place de nouvelles analyses à la demande d'utilisateurs. Après validation de la demande par le comité de pilotage, elle réalise aussi gratuitement des analyses préliminaires pour preuve de faisabilité.

Plateforme Bernard Rossi / UMR TIRO-UNS-CEA

Ce laboratoire a pour mission de répondre aux différents axes de recherche des laboratoires publics et privés dans le domaine de la spectrométrie de masse :

Toutes ces analyses sont prises en charge au niveau de la spectrométrie de masse. Les différentes étapes de préparation des échantillons sont effectuées par les laboratoires demandeurs de ces travaux. Nous disposons de systèmes HPLC et UHPLC en amont des spectromètres. Différentes sources d'imagerie MS (DESI/MS et AP-MALDI/MS) sont disponibles. Les principaux logiciels utilisés pour l'analyse des données sont « Proteome Discoverer » pour la protéomique et « Sieve » pour la métabolomique.

Le Conseil Scientifique en partenariat avec l'ingénieur de recherche en charge des travaux établira la faisabilité de la prestation et répartira le temps occupation machines.

Ces différentes prestations pour des laboratoires publics et privés seront facturées selon des tarifications jointes dans les annexes.

Tarifs analyses : Plate forme Bernard ROSSI UMR-E TIRO UNS-CEA/iBEB/SBTN

Laboratoires publicsLaboratoires privés
Analyse métabolomique par LC/MS/MS : 100 eurosAnalyse métabolomique par LC/MS/MS : 300 euros
Identification structurale d'un composé en métabolomique et synthèse organique : 30 eurosIdentification structurale d'un composé en métabolomique et synthèse organique : 90 euros
Analyse protéomique sur LCQ/DECA XP PLUS : 40 eurosAnalyse protéomique sur LCQ/DECA XP PLUS : 120 euros
Analyse protéomique sur LTQ/ORBITRAP : 50 eurosAnalyse protéomique sur LTQ/ORBITRAP : 150 euros
Analyse DE NOVO : 20 euros/échantillonAnalyse DE NOVO : 60 euros/échantillon
Analyse polymère par MALDI/TOF : 30 eurosAnalyse polymère par MALDI/TOF : 90 euros
Prix TTCPrix HT

Contact : Jean-Marie GUIGONIS
Ingénieur de Recherche- Responsable Scientifique
Jean-Marie.GUIGONIS@unice.fr
Tél: 04 93 37 77 08/76 49

Comité de pilotage de la plateforme Bernard ROSSI

Direction : Thierry POURCHER
Responsable scientifique : Jean-Marie GUIGONIS

Autres membres :
Sabine SCARZELLO (IRCAN)
Jean-Claude SIMECCA (BIPOA)
Valérie PIERREFITTE (MATOs)
Zoubir AMRI (iBV)
Pascal COLOSETTI (C3M)
Charlotte HINAULT (CHU)
Olivier THOMAS et Christophe DI GIORGIO (ICN)
Claude CASTELLA (INRA)
Eric TAMBUTTE (CSM)
Eric RICHIER (Virbac)

La fédération des plateformes de la région avec celles notamment de l'IPMC, de l'INRA, de l'ICN, ERINI est en en cours (capabio.fr). Une labellisation IBISA est en cours de demande.

Localisation

Plateforme de protéomique et métabolomique Faculté de médecine Tour Pasteur 5ème étage
28 Avenue de Valombrose 06107 NICE CEDEX 2
Accès par l'autoroute sortie 55 Nice Est, suivre la voie rapide trans-urbaine jusqu'à la sortie Pasteur, remonter la Voie Romaine puis l'avenue de Valombrose, la tour Pasteur est située à droite après le centre Antoine Lacassagne.


           


Publications de la plateforme

Sulfenylated proteins in the Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti symbiosis. Elodie Oger, Daniel Marino, Jean-Marie Guigonis, Nicolas Pauly, Alain Puppo Journal of proteomics. 05/2012; 75(13):4102-13

Molecular cloning and characterization of first organic matrix protein from sclerites of red coral, Corallium rubrum. Julien Debreuil, Eric Tambutté, Didier Zoccola, Emeline Deleury, Jean-Marie Guigonis, Michel Samson, Denis Allemand, Sylvie Tambutté The Journal of biological chemistry. 04/2012; 287(23):19367-76.

Heat shock cognate protein 70 regulates gephyrin clustering. Patricia Machado, Philippe Rostaing, Jean-Marie Guigonis, Marianne Renner, Andréa Dumoulin, Michel Samson, Christian Vannier, Antoine Triller The Journal of neuroscience.01/2011; 31(1):3-14.

Osmotically induced synthesis of the dipeptide N-acetylglutaminylglutamine amide is mediated by a new pathway conserved among bacteria. Brice Sagot, Marc Gaysinski, Mohamed Mehiri, Jean-Marie Guigonis, Daniel Le Rudulier, Geneviève Alloing Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 07/2010; 107(28):12652-7

Additional bioactive guanidine alkaloids from the Mediterranean sponge Crambe crambe. Stephanie Bondu, Gregory Genta-Jouve, Marta Leir?s, Carmen Vale, Jean-Marie Guigonis, Luis M. Botana, Olivier P. Thomas RSC Advances. 2(7):2828-2835.

Effect of cadmium in the clam Ruditapes decussatus assessed by proteomic analysis. Suze Chora, Mireille Starita-Geribaldi, Jean-Marie Guigonis, Michel Samson, Michèle Roméo, Maria João Bebianno ] Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands). 08/2009;

Comparative proteomics study reveals that bacterial CpG motifs induce tumor cell autophagy in vitro and in vivo. Samuel Bertin, Michel Samson, Catherine Pons, Jean-Marie Guigonis, Adolfo Gavelli, Patrick Baqué, Nicole Brossette, Sophie Pagnotta, Jean-Ehrland Ricci, Valérie Pierrefite-Carle Molecular & cellular proteomics : MCP. 12/2008; 7(12):2311-22.

Modified expression of cytoplasmic isocitrate dehydrogenase electrophoretic isoforms in seminal plasma of men with sertoli-cell-only syndrome and seminoma. Mireille Starita-Geribaldi, Michel Samson, Jean-Marie Guigonis, Georges Pointis, Patrick Fenichel Molecular carcinogenesis. 07/2008; 47(6):410-4.

Comparative proteomics study reveals that bacterial CpG motifs induce tumor cell autophagy in vitro and in vivo. Samuel Bertin, Michel Samson, Catherine Pons, Jean-Marie Guigonis, Adolfo Gavelli, Patrick Baqué, Nicole Brossette, Sophie Pagnotta, Jean-Ehrland Ricci, Valérie Pierrefite-Carle Molecular & cellular proteomics : MCP. 12/2008; 7(12):2311-22.

Differential binding of poly(ADP-Ribose) polymerase-1 and JunD/Fra2 accounts for RANKL-induced Tcirg1 gene expression during osteoclastogenesis. Guillaume E Beranger, David Momier, Jean-Marie Guigonis, Michel Samson, Georges F Carle, Jean-Claude Scimeca Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research. 08/2007; 22(7):975-83.

Etc...