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Présentation de cellQuant

cellQuant est un outil logiciel basé sur ImageJ capable d'analyser une grande série d'images de cellules acquises en microscopie électronique. L'acquisition par microscope concerne une plaque, elle-même contenant un ensemble de puits, chaque puit donnant lieu à un ensemble de prises de vues (ou champs). Chaque champ concerne une population de cellules qui peut être observé par différent marqueur : le marqueur des noyaux (obligatoire) et d'autres (cytoplasmiques, membranaires). Chaque marqueur donne alors une image '.tif' ou '.tiff' différente.

A partir du marquage des noyaux, cellQuant est capable de définir des régions d'intérêt (noyau, cytoplasme, cellule, membrane) puis de quantifier différents marqueurs dans ces régions d'intérêt. Les valeurs quantifiées sont enfin classées et les résultats sont fournis à la fois sous forme textuelle et graphique.

Le logiciel est séparé en deux partie : une partie 'Paramétrage' ou l'utilisateur définit un fichier de paramètres à partir d'une image des noyaux choisie dans le répertoire d'acquisition et une partie 'Exécution Automatisée' où l'ensemble du répertoire d'acquisition est traité avec le fichier de paramètre défini.

cellQuant est gratuit et téléchargeable après identification.

Quelques étapes importantes

1. Image originale


2. Image des noyaux et agrégats


3. Correction des erreurs de segmentation


4. Prédiction des cellules


5.Prédiction des membranes


6.Présentation des résultats