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CellQuant

CellQuant est un outil logiciel basé sur ImageJ capable d'analyser une grande série d'images de cellules acquises en microscopie électronique. Chaque image (d'extension .tif ou .tiff) doit contenir un certain nombre d'informations : à savoir, son numéro/identifiant de puit (un puit correspond généralement à une condition expérimentale précise), son numéro de champ (ce dernier correspondant à une prise de vue dans le puit) et son marqueur (chaque prise de vue donnant lieu à une image par marqueur (celui des noyaux/DAPI obligatoire, plus éventuellement d'autres, gfp ...).

En partant de l'image des noyaux, CellQuant permet à l'utilisateur de définir des régions d'intérêt (ROI) (noyau, cytoplasme, cellule ou membrane) pour ensuite quantifier des marquages dans ces régions (par exemple, 'l'intensité moyenne, dans la ROI cytoplasme, sur les images marquées à la gfp'. Les valeurs obtenues sont finalement classées (selon la méthode choisie par l'utilisateur) pour chaque puit ( par exemple, 111.532 objects trouvés dans la tranche d'intensité 0-50, 225.457 dans la tranche d'intensité 50-100 ...) et pour l'ensemble des images.

Le logiciel contient deux parties : la première, 'Setting parameters', permet à l'utilisateur de paramétrer l'analyse, d'abord en définissant des paramètres généraux (emplacement sur le disque du répertoire contenant les images ...), puis en définissant des paramètres de reconnaissance/segmentation (seuil d'intensité, valeurs limites de surface et de circularité pour reconnaitre les noyaux, estimation de l'étalement des cellules ...), enfin en indiquant les tâches désirées pour l'analyse (par exemple 1. Intensité moyenne dans la ROI Noyaux sur les images marquées au DAPI, classement en 10 tranches d'intensités. 2. Intensité totale ...). La deuxième partie du logiciel, 'Run', consiste en l'analyse complète du répertoire d'images à partir des paramètres précédemment définis.

CellQuant est gratuit et téléchargeable après identification.



CellQuant is a sofware based on ImageJ, able to analyse a large range of cells images obtained in microscopy. Each image (.tif/.tiff extension) must contains informations necessary for analysis. These informations are well, field and staining identifiers. A well (which generally corresponds to an experimental condition) contains a certain number of fields (each one correspond to a distinct photo shot in the field), and each field is declined in a few stainings (among whom the nuclei one is obligatory).

Starting from the nuclei staining, CellQuant allow the user to specify regions of interest (among the following list : nucleus, cytoplasm, cell, membrane), in order to quantify stainings on theses regions (for example, the 'average intensity on cytoplasm ROI in the gfp stained images'). The obtained values are finally classified (according to the method chosen by the user) for each well (for example, 111.532 objects in the intensity slice 0-50, 225.457 in the intensity slice 50-100 ...) and for all the images.

The software contains two parts : the first one, 'Setting parameters', allow the user to parametrize the analysis, first by settings general parameters (images directory pathway ...) then by settings parameters steps by step from a chosen nuclei stained image (intensity threeshold, area and surface limits for nuclei detection, cells spreading estimation ...) and finally by specifying the desired tasks for the analysis (for example, 1. Average intensity on Nucleus ROI in the DAPI stained images, 10 sorting slices. 2. Total intensity ...). The second part of the software, 'Run', consists on the analysis of the entire images directory, applying the parameters previouslys setted.

CellQuant is free and downloadable after identification.


IHM / GUI



Quelques étapes importantes / Some important steps

1. Seuil de binarisation / Binarization threshold

  

2. Reconnaissance des noyaux / Recognizing nuclei

  

3. Prédiction des cellules / Cells prediction

  

4. Prédiction des membranes / Membranes prediction

  

5. Valeurs d'intensité montrées pour les régions d'intérêt et marqueurs sélectionnés / Intensity values showed for the selected ROI & stainings

  

6. Présentation des résultats (classements et sous-classements) / Showing results (sortings and sub-sortings)